Spojení mezi jednotlivými patry mohutné budovy plaského konventu zajišťovalo několik schodišť lišících se funkcí i konstrukcí. Dvě velká reprezentativní schodiště, v baroku nazývaná létající, jsou umístěna naproti sobě v ambitu, ve vystupujících částech budovy připomínajících prosklené schodišťové věže. Pod nimi vodní zrcadla ukazují aktuální hladinu podzemní vody, na níž závisí stabilita celého konventu.

Vedle těchto dominantních vertikálních propojení se v bočních křídlech nacházejí také dvě menší samonosné točitá schodiště, které navazují na barokní tradici vřetenových schodišť běžně využívaných pro služební komunikaci v zámcích a palácích. Jedno z nich bylo dokončeno i s malířskou výzdobou. Klenbu nad schodištěm v nemocničním křídle zdobí freska zobrazující boj archanděla Michaela s drakem a padlými anděly – motiv inspirovaný biblickou knihou Zjevení Janovo. Druhé točité zcela nedokončené schodiště má prostor pro malbu jen předpřipravený.

Santiniho schodiště nejsou jen estetickým či symbolickým prvkem. Kromě své vizuální působivosti mají také významnou technickou funkci. Absence středového pilíře vytváří rozsáhlou vzduchovou šachtu, která umožňuje efektivní větrání a zároveň pomáhá regulovat teplotu uvnitř budovy. Moderní měření potvrdila, že tento systém funguje nejlépe skrze takzvaný obrácený komínový efekt. Proudění vzduchu se spouští otevřením oken ve druhém patře – vzduch je vtahován dovnitř, postupně se ochlazuje, stává se těžším a klesá vzduchovou šachtou až do přízemí. Zde absorbuje vlhkost z vodních zrcadel a nakonec budovu opouští otevřenými dveřmi. Tento přirozený ventilační mechanismus nejenže pomáhá snižovat vlhkost, ale také zajišťuje rovnoměrnější prohřívání prostoru.

Santini nebyl jediným architektem, který s takovými prvky pracoval. V 16. století přinesl motiv šnekovitého schodiště do raně novověké architektury Andrea Palladio. Santini se těmito konstrukcemi inspiroval, ale místo prosté reprodukce historických vzorů je vždy přetvářel podle vlastních představ a potřeb konkrétní stavby. Zatímco inspirace točitými schodišti pochází zřejmě z Itálie, velká reprezentační visutá schodiště v ambitu odkazují spíše na francouzskou palácovou architekturu 17. a 18. století. Santini se od těchto vzorů odlišuje volbou materiálů. Namísto kamene zvolil v Plasích kombinaci dřeva a štuku, čímž se zřejmě přizpůsobil místním podmínkám. Vzhledem k přímým vazbám cisterciáků na Francii a doloženému zájmu o francouzský jazyk v plaském klášteře je tato inspirace zcela přirozená.