Řehole svatého Benedikta je soubor pravidel, který už po staletí zajišťuje promyšlenou organizaci mnišských komunit. Zároveň stanovuje jasný a uvážlivý systém kázně pro členy klášterního společenství. Přestupky se řešily postupně: nejprve soukromým napomenutím, následně veřejným pokáráním. Opat měl vždy přihlížet k věku a způsobilosti provinilce – mladší bratři mohli být v krajních případech trestáni i tělesně. Pokud napomenutí selhalo, následovala dočasná izolace od komunity, aby měl provinilec prostor k sebereflexi. Teprve když všechny pokusy o nápravu selhaly, přicházelo na řadu vyloučení z kláštera.

Přestože Benediktova řehole nepočítala přímo s vězením, postupem času se žalář stal běžnou součástí opatství, jak dokládá například ustanovení cisterciácké generální kapituly, která předepisovala, aby ve všech klášterech existovala cela pro provinilce. Podobné prostory se však objevovaly i v opatstvích jiných řádů, což ukazuje, že klášterní vězení byla běžně přijímaným nástrojem k udržení kázně a ochraně společenství.

V Plasích je existence klášterního vězení doložena v 16. století. Dochovala se zmínka o uvěznění opata ze Zlaté Koruny, který se dostal do konfliktu s Rožmberky. O podobě tehdejšího vězení však víme jen velmi málo. Výrazně lépe je naopak známá podoba tzv. separací v nové konventní budově, postavené v letech 1711–1740. Dodnes se zde dochovaly dvě oddělené místnosti s přilehlou kaplí, určené k izolaci provinilců. Součástí těchto prostor byly i dřevěné turnikety, jimiž se podávalo jídlo bez přímého kontaktu s komunitou. Jeden originál se částečně dochoval a podle něj byla vyrobena kopie; oba jsou dnes k vidění přímo v separacích.

Uvnitř každé z těchto místností byla vyhloubena hluboká šachta, jejíž účel není zcela jasný. I dle dalších analogií se předpokládá, že mohly sloužit jako donucovací prostředek – provinilci byli spouštěni dolů přivázaní na žebříku.

Jedním z mála případů, kdy mohly být tyto separace skutečně využity, je aféra z roku 1781, kdy dva plaští mniši plánovali atentát na opata. Po odhalení jejich úmyslu byli okamžitě uvězněni, pravděpodobně právě v těchto místnostech. Krátce nato byli převezeni do jiných klášterů, kde čekali na rozsudek. Nakonec byli církevním soudem odsouzeni k doživotnímu vězení.